Первой реальной попыткой создать Школу можно считать альтернативные кафедры экономической теории, организованные в МФТИ (1989–1990) и на физическом, историческом факультетах МГУ (1990–1991). Студенты могли выбирать между курсами, которые вели молодые преподаватели, вчерашние выпускники экономфака, и традиционной политической экономией. Школу этих кафедр прошли многие из тех, кто потом составил костяк ВШЭ. Там же отрабатывалась методика преподавания экономической теории в стране с переходной экономикой.В 1997 году университет стал одним из первых российских вузов, успешно внедривших на российской почве (за несколько лет до начала Болонского процесса) так называемую «программу двух дипломов». Высшая школа экономики и один из лидеров экономического образования в мире — Лондонская школа экономики (ЛШЭ) создали МИЭФ Создание бакалавриата и магистратуры МИЭФ международного уровня стало возможным благодаря финансовой поддержке, которую оказали крупнейшие банки, компании и финансовые институты: ВТБ24, Внешторгбанк, Сбербанк. Обучение на программах с первого курса стало вестись на английском языке, а выпускники получают сразу два диплома